从头 KAT6B 突变导致伊朗男孩患上 Say–Barber–Biesecker–Young–Simpson 变异型 Ohdo 综合征：病例报告
抽象的
Say–Barber–Biesecker–Young–Simpson (SBBYS) (OMIM #603736，Ohdo 综合征变体) 是一种罕见的严重睑裂性智力障碍综合征，其一般特征是全面发育迟缓、独特的面部特征和智力障碍，并伴有多种先天性异常，包括骨骼受累、膝盖骨缺失或发育不全以及生殖器异常。 研究表明，赖氨酸乙酰转移酶编码基因 KAT6B 基因突变与 SBBYS 综合征有关。所有已知变体都是导致蛋白质截短的显性从头突变。
本病例研究对象为一名患有智力障碍的 14 岁伊朗阿塞拜疆男孩，其面部特征明显畸形，如张嘴表情、内侧眉毛稀疏、眼间距大且上倾、内眦赘皮、宽鼻梁、低耳位、前倾耳、人中短、眼距过宽、小眼畸形。报告称患有隐睾症。神经系统方面，患者表现为眼神接触不良、肌张力低下和言语困难。骨骼 X 光检查显示膝盖骨发育不全，并出现一些新特征。
我们介绍了伊朗人群中首例 SBBYS 综合征病例，该综合征伴有某些新的异常特征。根据这一诊断，我们可以为患者提供合适的治疗方案以及为其家人提供适当的遗传咨询。
介绍
KAT6B 基因（编码组蛋白乙酰转移酶）的杂合新生突变可导致两种具有智力障碍和先天畸形的综合征，即生殖髌骨综合征（GPS；OMIM #606170）和 Say–Barber–Biesecker–Young–Simpson 综合征（SBBYSS，OMIM #603736）[1]。GPS 是一种严重疾病，其特征包括发育不全、肾脏异常、外生殖器异常、四肢屈曲畸形、面部畸形、髌骨发育不全、小头畸形、胼胝体发育不全 (ACC) 和严重精神运动障碍 [2,3,4]。另一方面，SBBYSS（Ohdo 综合征的一种变体）是一种致残性疾病，其诊断依据是存在明显的面部畸形特征，包括面具脸、眼睑下垂和眼睑下垂。此外，SBBYSS 患者还可能出现肌张力低下、大脚趾和长拇指、牙齿畸形、喂养问题、髌骨发育不全或脱位、听力障碍、隐睾、先天性心脏病、严重智力障碍和发育迟缓 [5,6]。大多数报告的 SBBYSS 患者都是散发性的，但据报道一个家族中至少有三代人受到影响 [7]。
1986 年，Ohdo 等人 [8] 报告了 SBBYSS，随后 Say 和 Barber [9]、Young 和 Simpson [10] 以及 Biesecker [11] 将其详细描述为 Ohdo 综合征的一种变体。SBBYSS 是一种罕见的遗传性疾病，文献中报道的病例不到 20 例 [12]。它是由染色体区域 10q22 上的 KAT6B 基因 [MIM 605880] 中的不同类型的突变引起的，该基因编码高度保守的赖氨酸乙酰转移酶 6B，是 MYST（SAS/MOZ）家族的成员 [13]，在染色质修饰中起着重要作用，导致 SBBYSS 的特征和表型。
由于 GPS 综合征和 SBBYSS 综合征在临床上存在重叠，KAT6B 相关疾病谱成为研究人员关注的课题 [14]。本文，我们将报道一名 14 岁发育迟缓男孩，该男孩患有认知障碍、严重面部畸形、隐睾和双侧髌骨发育不全，是伊朗人群中一例新的 SBBYSS 病例，该病是由 KAT6B 基因新生突变引起的。
病例介绍
先证者为一名 14 岁的阿塞拜疆男孩，来自一对健康的非近亲结婚的夫妇。先证者怀孕时被确诊为宫内生长迟缓。他于 36 周时因无胎动而剖宫产出生，阿普伽评分 9/10。出生时体重 2.97 公斤（50 百分位数，-0.45 SD），颅周长 33 厘米（10 百分位数，-0.61 SD）。该受试者 4 岁开始坐立，6 岁时第一次独立行走。他可以独自迈出一些步伐，并能在抬高双脚的情况下行走。9 岁时，他被转诊至医学遗传咨询中心，并因眼睑裂和智力障碍被诊断为眼睑裂综合征。他在 6 岁时出现过几次意识丧失，但脑电图 (EEG) 正常。他患有无症状的大型房间隔缺损，ASD（继发孔房间隔缺损）。
9 岁时体格检查，患者枕额周长 (OFC) 为 52 厘米（~50 百分位数），但面部特征畸形，包括平枕、三角形长脸、额部凸起、突出的舌头导致张嘴表情、上唇薄、内侧眉毛稀疏、眉毛细、内眦赘皮、眼间距大且上斜、鼻梁宽、耳位低、耳前倾、人中短、眼距过宽、眼睑下垂、小眼畸形、牙齿发育不全。诊断为先天性泌尿生殖系统异常，为隐睾症，无任何肾脏异常。患者身材高大，第一（大）脚趾/长拇指，髌骨缺失，但骨骼和关节X光检查中最显著的异常发现迄今为止尚未报道，包括对称性双侧髋外翻、髂骨翼发育不全和脊柱侧凸、腰椎管直径增加、膝外翻、扁平足和前额倾斜，脑容量较大（图 1A）。
图 1
A患者的表型特征；B患者的脑部 MRI。脑部成像显示髓鞘形成不适当，白质完整性受损；C基因检测结果。桑格测序显示该患者存在 c.3147G>A；p.P1049P 从头异质突变
从神经学角度来看，他表现出全面发育迟缓、智力障碍、眼神交流不良、肌张力低下和言语困难。脑部 MRI（磁共振成像）未显示胼胝体发育不全的证据，但髓鞘形成不适当和白质完整性受损是显著的发现（图 1B）。没有括约肌控制。目前，患者在智力残疾护理机构接受物理治疗和言语治疗，原因是父母无法照顾以及行为障碍和 ADHD（注意力缺陷多动障碍）特征。在表 1 中，我们将本患者的临床表现与之前报告中的一些患者的临床表现进行了比较。
本研究从一名患有 SBBYS 综合征的 14 岁男性的父母处获得了书面知情同意书，然后将他纳入研究。采集血液样本，用标准盐析法提取 DNA。最后，分别用琼脂糖凝胶电泳和 Nanodrop 分光光度计（美国马萨诸塞州沃尔瑟姆市 Thermo Fisher Scientific）分析 DNA 的完整性和纯度 [15]。
从患儿中提取基因组 DNA 后，使用 SureSelect Human All ExonV6 试剂盒对其进行全外显子组测序 (WES)。DNA 被片段化，并产生平端。将接头寡核苷酸连接到 DNA 片段，然后通过 PCR 富集。使用 AMPure XP 系统进行纯化，并使用 Agilent Bioanalyzer 2100 进行定量。捕获的文库在 NovaSeq 6000 Illumina 测序仪上进行测序，平均覆盖率为 100X。使用 FastQC 和 NGS QC 工具包评估数据质量。使用 Burrows-Wheeler Alignment 工具将高质量读取与人类参考基因组 (GRCh37.p13/hg19) 对齐。使用 Picard 工具标记和删除重复读取，并将 SAM 文件转换为 BAM 格式。使用 GATK 执行碱基质量分数重新校准。根据次要等位基因覆盖率 ≥ 10、覆盖率 ≥ 15 的变异和调用质量 ≥ 20 等标准筛选变异。ANNOVAR 用于基因变异注释。注释的变异进一步筛选和选择进行分析。
这一过程使得能够识别和分析先证者基因组 DNA 样本中的遗传变异 [16]。
使用网络服务器 Mutation Taster 通过计算机分析评估了所识别变体的致病性。通过 SWISS-MODEL（SWISS-MODEL 网络服务器） (https://swissmodel.expasy.org/) 预测了野生型和突变型蛋白质的结构。为了预测所识别变体是否会逃脱 NMD，使用了无义介导的 mRNA 衰变 (NMD) ESC 预测器 (https://nmdprediction.shinyapps.io/nmdescpredictor/)。此外，还使用 ​​STRING 数据库来预测蛋白质之间的相互作用。
WES 之后，通过特异性引物进行 Sanger 测序验证该变异。根据 NCBI 中 GenBank 的人类基因组参考基因组序列，针对候选位点设计引物对（图 1C）。我们使用 WES 鉴定出一个从头发生的杂合突变，由鸟嘌呤变为腺嘌呤 NM_012330.4(KAT6B):c.3147G>A (p.Pro1049=)。随后 Sanger 测序证实了该个体中 WES 鉴定出的杂合变异。Sanger 测序无法在父母 DNA 中检测到该突变（图 1C），表明该突变为从头发生的。序列分析结果显示，1,049 密码子的 c.3147G>A；p.P1049P 转换是 KAT6B 基因第 16 外显子的同义突变（p.Pro1049 =）。
此外，KAT6B 蛋白是一种 231,378 Da 蛋白，具有 2,073 个氨基酸。DAVID 对 KAT6B 的功能注释显示，该蛋白在不同的人体组织中表达。根据 (http://biogps.org)，它在免疫细胞、子宫、胸腺、胎儿大脑和其他组织中含量相当高。此外，KAT6B 蛋白已在不同疾病中被发现，例如生殖髌骨综合征、ohdo 综合征、Sbbyss 变异、单核细胞白血病和睑裂畸形。此外，NMD 网络服务器表示，这种过早的密码子可能导致无义介导的降解（图 2A）。根据 InterProScan 作为蛋白质结构域分析工具，KAT6B 编码组蛋白乙酰转移酶蛋白，其 N 端参与转录激活，C 端在转录抑制中发挥作用。
图 2
ANMD Esc Predictor 网站对患者无义介导的 mRNA 衰变的预测结果。BKAT6B基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络。C使用 Swiss 模型预测 p.P1049P 突变对蛋白质结构和链的影响
STRING对蛋白间相互作用的分析表明，KAT6B蛋白与约100种不同的基因产物形成网络（图2B）。同时，该蛋白通过组蛋白乙酰化、核小体组装和转录调控等三种重要活性，在某些生物学途径中发挥重要作用（https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm）。SWISS-MODEL服务器显示该突变导致蛋白截短（图2C）。
讨论
Say–Barber–Biesecker–Young–Simpson (SBBYS) 是一种罕见的遗传异常，由 KAT6B 基因突变引起。KAT6B 编码组蛋白乙酰转移酶，该酶是 MOZ/MORF 复合物中高度保守的部分。除了乙酰转移酶活性外，编码蛋白质的 C 端和 N 端分别具有转录抑制和转录激活活性。该蛋白质对于 RUNX2 依赖性转录调控至关重要，并可参与大脑的生长。由于临床重叠和相似性，一些研究人员提出 KAT6B 导致两种等位基因 GPS 和 SBBYS 综合征，而另一些人则认为它们是两种不同的疾病 [14,17]。尽管 SBBYSS 和 GPS 被描述为两种不同的遗传性疾病，但它们具有一些重叠的表型，包括生殖器异常、听力丧失、全面发育迟缓、肌张力低下、先天性心脏缺陷、智力障碍和甲状腺异常 [17]。Lemireet al. [18] 认为某些特征可能与 KAT6B 相关异常有关。具有两种主要表型或一种主要表型和两种次要表型的患者可能患有 KAT6B 相关疾病。SBBYSS 的主要表型是面具状面部外观、长拇指/大脚趾、眼睑裂、泪管狭窄和眼睑下垂。然而，GPS 的独特特征是胼胝体发育不全、马蹄足、髌骨发育不全/发育不全以及髋关节和膝关节屈曲挛缩 [19]。然而，值得注意的是，Mendezet al. [20] 报道的一名患者以长拇指/拇趾和面部畸形为主要特征，提示为 SBBYSS，而该患者患有胼胝体发育不全，这是 GPS 的主要表型。此外，Niida Yoet al. [21] 报道了一例 KAT6B 突变病例，该突变以前在 SBBYSS 病例中报告过，但他也具有一些特征，包括生殖器异常、喉软化和发育迟缓，证实了 GPS。我们的患者具有一些独特的主要特征，包括面部畸形和睑裂，大脚趾和拇指较长，提示为 SBBYSS。此外，我们还发现了一些新的骨骼异常特征和表型，包括对称性双侧髋外翻、髂骨翼发育不全和脊柱侧凸、腰椎管直径增大、膝外翻和扁平足，这些在之前的病例中都是从未报道过的。值得注意的是，KAT6B相关疾病谱，尤其是GPS和SBBYSS在临床上具有相似性，且表型有重叠，建立明确的基因型-表型相关性非常具有挑战性，甚至是不可能的。虽然准确的诊断需要适当的基因型-表型相关性，但明确的相关性尚未确定。我们希望这些新的表型和特征有助于建立适当且可信的基因型-表型相关性，以识别KAT6B相关疾病。
此外，我们的结果与两项不同的研究具有可比性。Gannonet al. 和 Yilmazet al. 先前已报道该突变为 6 名

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