一例家族性遗传性乳腺癌患者的临床特点及基因分析：病例报道
抽象的
乳腺癌已成为全球女性死亡的首要原因，三阴性乳腺癌约占所有乳腺癌病例的10–15％。三阴性乳腺癌家族具有明显的家族遗传性，但在BRCA1/2中未发现潜在的致病变异。
患者为一名56岁汉族女性。总结该乳腺癌患者的临床特点，采集该家系中1例正常女性和2例乳腺癌患者的外周血，提取DNA，通过全外显子组测序分析潜在致病变异。该家系中1例正常女性和2例乳腺癌患者共用一个外祖母。先证者右侧乳腺肿块穿刺，活检示右侧乳腺浸润性癌，Ⅱ～Ⅲ级，伴坏死。BRCA1/2基因检测未发现突变；手术标本免疫组化示三阴性乳腺癌。结合家系内基因型与表型共遗传及全外显子组测序结果，通过生物信息学预测分析，发现3种突变类型和17个基因突变位点。结合Cancer Genome Atlas数据库综合分析，MT1Ec.G107A（p.C36Y）突变可能是潜在致病位点。
通过全外显子组测序，我们共鉴定出17个潜在的致病突变位点，这些位点目前均未见报道，因此我们的工作扩大了家族性遗传性三阴性乳腺癌的基因突变谱，可为家庭遗传咨询提供更多依据。
背景
乳腺癌已成为全球女性死亡的首要原因，在女性恶性肿瘤中发病率和死亡率最高[1]。目前，约5%～10%的乳腺癌患者由种系突变引起，且这类患者一般具有明显的家族遗传性。已报道的乳腺癌易感基因有20多个，包括BRCA1、BRCA2、ATM、RAD51、CHEK2、PALB2等，这些基因参与DNA修复。三阴性乳腺癌（TNBC）因雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）表达阴性而得名。TNBC约占所有乳腺癌的10%～15%，预后较差，5年生存率明显低于其他乳腺癌亚型。涉及同源重组修复（HRR）通路的致病变异，尤其是BRCA1/2，在遗传性TNBC病例中占主导地位。携带BRCA1/2致病变异的患者可从聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂（PARPi）治疗中获益。我们收集了一例不携带BRCA1/2致病变异的家族性三阴性乳腺癌病例。全外显子组测序（WES）显示该家族中存在一些潜在的致病变异位点，这可能会扩大家族性TNBC的突变谱。
Case presentation
先证者为56岁汉族女性患者，2020年3月因乳腺肿块就诊于蚌埠医学院第一附属医院。临床触诊发现右乳外象限有一边界不清、不动、硬性肿块，大小约2 × 2 cm。按压无压痛，双侧乳房及乳头未见分泌物或异常。
术前胸部CT、心电图等检查未见明显异常。彩色多普勒超声提示右侧乳房9点钟位置有一17 × 19 × 21 mm的低回声病灶，病灶形状不规则，边界不清，边缘呈分叶状。右腋窝未见明显异常淋巴结。钼靶成像证实右乳房外象限有一结节，分级为BI-RADS 4c。右侧乳房肿块细针抽吸活检显示为浸润性癌，II-III级，伴坏死（图1A）。BRCA1/2基因检测未发现任何致病变异。
图 1
患儿病理诊断结果。A患儿右侧乳房病理穿刺结果显示浸润性癌。B患儿术后病理诊断为右侧乳房浸润性癌。C雌激素受体阴性。D孕激素受体阴性。E人表皮生长因子受体2为一个“+”。FKi67为阳性，约80%。原始放大倍数，200倍
2020年4月3日，患者在全身麻醉下接受保乳手术+前哨淋巴结活检（SLNB）。术中切缘（上、下、内、外、基底）冰冻切片分析为阴性。术后病理证实为右侧乳腺浸润性癌（图1B），3级，大小为2.5 × 2.3 × 1.5 cm。免疫组化分析结果显示：雌激素受体（ER）阴性，孕激素受体（PR）阴性，人表皮生长因子受体2（HER2）1+，Ki-67增殖指数高（+，80%）（图1C-F）。
根据患者的描述，该患者具有明显的家族性乳腺癌倾向。因此，我们收集了患者的家谱信息（图 2）。如图 2 所示，除 III:3 外，该家族中的所有女性均患有乳腺癌。遗憾的是，由于 I:1、II:1 和 II:3 均已去世，因此无法获得他们的详细信息。III:2 和先证者 III:1 均被诊断为 TNBC。根据家谱，该疾病的遗传模式为显性。
图 2
乳腺癌患者家系结构。圆圈代表女性，方块代表男性，黑色代表患者，白色代表正常人，“全角斜线”代表已故者，箭头表示先证者（III:1）
按照预定标准，WES共鉴定出17个候选变异（表1），包括移码突变、错义突变和剪接位点突变。此外，WES显示TNBC易感基因BRCA2和ATM可能携带良性变异（补充材料，表S2）。金属硫蛋白1E（MT1E）存在c.G107A（p.C36Y）突变。该突变在1000 Genomes、ESP6500si_all和gnomAD_ALL等数据库中均未发现或极为罕见（表2）。此外，根据dbscSNV和Spidex分析软件的生物信息学预测（表2），表明该突变不影响MT1E的剪接。多种在线预测软件工具，包括SIFT、PolyPhen-2、MutationTaster 和 CADD，表明MT1Ec.G107A (p.C36Y) 是一种致病变异。
首先，我们扩增了含有MT1Ec.G107A突变（图3A，补充材料，图S1）的156 bp聚合酶链式反应（PCR）片段（补充材料，表S1），并进行了Sanger测序。结果证实了III:1和III:2中都存在c.G107A突变，而III:3不携带该突变（图3B），与WES结果一致。此外，我们使用CLC Sequence Viewer8软件分析了MT1E蛋白第36位半胱氨酸残基在不同物种（包括人类、恒河猴、黑猩猩、狗和小鼠）之间的保守性。结果表明，p.C36在这些物种中具有较高的保守性（图3C）。
图 3
金属硫蛋白1E的保守及表达分析。A聚合酶链式反应扩增片段琼脂糖凝胶电泳图。聚合酶链式反应片段为156 bp，含有金属硫蛋白1E c.G107A突变位点。Bsanger测序证实该突变。聚合酶链式反应片段经Sanger测序，该突

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